存疑不起诉也称证据不足不起诉，证据不足的情形有两种：一种是先天证据不足；另一种是由于排除非法证据而导致的证据不足。两种情形最大的区别是，前者以补充侦查的存在为前提，不能直接作出不起诉决定；而后者既可以补充侦查，也可以直接作出不起诉决定。

1.一般情形下的证据不足

根据《刑事诉讼法》第175条第4款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。另外，根据《人民检察院刑事诉讼规则》第367条第2款规定，人民检察院对于经过一次退回补充调查或者补充侦查的案件，认为证据不足，不符合起诉条件，且没有再次退回补充调查或者补充侦查必要的，经检察长批准，可以作出不起诉决定。

【案例：刘某某寻衅滋事案】被告人刘某某、被害人田某某及朋友王某某三人酒后沿西环路寻找酒店住宿，步行至“**”酒店门口时，碰见同样喝完酒的张某某、赵某某、都某某三人，刘某某因错认拽了赵某某的胳膊，双方发生争吵，当即被同行人员拉开，而王某某却以此辱骂对方，从而将矛盾激化，双方六人相互殴打起来，刘某某在田某某面部蹬踏一脚，致使田鼻骨双侧骨折，经鉴定为轻伤二级，其他人不同程度受伤。

【检察院决定】对刘某某存疑不起诉

【辩护要点】被害人田某某鼻部双侧骨折究竟是否系刘某某所致，事实不清，证据不足，不能排除合理怀疑，不符合起诉条件。　

2.排除非法证据后的证据不足

根据《人民检察院刑事诉讼规则》第73条，人民检察院经审查认定存在非法取证行为的，对该证据应当予以排除，其他证据不能证明犯罪嫌疑人实施犯罪行为的，应当不批准或者决定逮捕。已经移送起诉的，可以依法将案件退回监察机关补充调查或者退回公安机关补充侦查，或者作出不起诉决定。被排除的非法证据应当随案移送，并写明为依法排除的非法证据。

另外，根据《人民检察院刑事诉讼规则》第369条规定，人民检察院作出存疑不起诉决定的，在发现新的证据，符合起诉条件时，可以提起公诉。